The Journey

"The Journey" là tên câu chuyện trong Persona 3 hoặc có tên là "Episode Yourself" trong bản Nhật. Lấy bối cảnh vào năm 2009, Persona 3 khởi đầu với cảnh nhân vật chính trở về 1 thành phố thuộc đảo Tatsumi Port 10 năm sau cái chết của ba mẹ anh vì tai nạn. Anh được giới thiệu là học sinh chuyển trường vừa dọn tới kí túc xá Iwatodai nhưng lại tới muộn (trong bộ anime chuyển thể, lí do được đưa ra là vì 1 người tử tự ở tàu điện ngầm). 1 cậu bé bí ẩn tự gọi mình là Pharos, giới thiệu bản thân với nhân vật chính và kêu anh ta kí vào 1 bản hợp đồng rằng nhân vật chính sẽ chấp nhận chịu hoàn toàn mọi trách nhiệm cho hành động của mình. Cậu bé nhân chóng dẫn dắt anh tới với nhóm SEES (Special Extracurricular Execution Squad), 1 câu lạc bộ của Trường Trung Học Gekkoukan, được ngụy trang thành 1 CLB hoàn toàn bình thường cho đến khi nhân vật chính phát hiện về Shadows và Dark Hour. The Dark Hour là giờ bí mật mà chỉ có một số ít người được chọn có "tiềm năng" mới biết. Shadows cũng khiến nhiều người trở thành nạn nhân của hội chứng thờ ơ. 1 tình trạng bí ẩn khiến họ rơi vào trạng thái giống người thực vật, mất đi ý chí sống, các nạn nhân đó được gọi là "The Lost" (Kẻ lạc lõng). Sau khi bị kẹt trong Dark Hour và gặp phải Shadow, nhân vật chính đã học được cách triệu hồi Persona, sau đó anh được mời gia nhập vô nhóm SEES với các thành viên gồm Shuji Ikutsuki, Mitsuru Kirijo, Akihiko Sanada, Yukari Takeba, Junpei Iori, Fuuka Yamagishi, và anh cũng được chọn làm trưởng nhóm. Sau khi thức tỉnh khả năng triệu hồi Persona, nhân vật chính được vẩn chuyển tới Velvet Room, chủ sở hữu của căn phòng - Igor, nói rằng đây là cõi giữa "giấc mơ và hiện thực". Igor giải thích cho anh biết Persona là 1 khả năng đặc biệt, anh là thành viên duy nhất trong SEES có khả năng sử dụng được nhiều Persona trong trận chiến. Trong trò chơi, Velvet Room là nơi mà người chơi có thể kết hợp 2 hay nhiều Persona lại với nhau để tạo nên con mới. Igor cũng khuyến khích nhân vật chính gặp gỡ mọi người và hình thành mối quan hệ với họ, cơ chế này biết đến với tên gọi "Social Links". Theo Igor, sức mạnh của "Social Links" sẽ quyết định khả năng của anh trong trận chiến.

Với sức mạnh của Persona, SEES thám hiểm 1 tòa tháp bí ẩn có tên là Tartarus xuất hiện ngay ở Trường Trung Học Gekkoukan trong khoảng thời gian Dark Hour. Họ cũng phải đánh bại Greater Shadows xuất hiện vào mỗi đêm trăng tròn, họ tin rằng bằng cách giết chết 12 Greater Shadow, họ có thể kết thúc sự xuất hiện của Dark Hour. SEES triệu hồi Persona bằng cách sử dụng 1 món đồ có hình dạng giống khẩu súng gọi là Evokers bắn thẳng vào đầu bản thân, 1 hành động tượng trưng cho tử tự. Trong lúc thám hiểm, SEES bắt đầu đối mặt với bộ 3 phản diện bí ẩn gọi là Strega. Strega cũng có khả năng triệu hồi Persona và họ là người dùng Persona nhân tạo (có thể triệu hồi Persona mà không cần dùng Evokers), và cưỡng chế Persona (thuốc).

Sau vài chiến dịch Trăng Tròn, Mitsuru buộc phải tiết lộ cho nhóm về nguồn gốc của Tartarus và Dark Hour mà trước đây cô đã giấu không cho SEES biết. Mười năm trước, Tập đoàn Kirijo, một công ty nghiên cứu được thành lập bởi ông của Mitsuru, bắt đầu tập hợp các Shadows lại để nghiên cứu. Họ đã nghiên cứu và thực hiện các thí nghiệm trên chúng, để khai thác sức mạnh của chúng.Tuy nhiên, các thí nghiệm đã thất bại, các Shadows đã trốn thoát và tập hợp thành mười hai sinh vật lớn hơn. Mỗi con đều liên kết tới 1 trong các Lá Ẩn Chính của bộ bài Tarot. Trưởng nhóm của SEES, Shuji Ikutsuki nói rằng nếu họ có thể tiêu diệt cả 12 Greater Shadow thì Tartarus và Dark Hour sẽ biến mất vĩnh viễn. Thời gian trôi qua, nhóm cũng đã có thêm vài thành viên mới gia nhập gồm Ken Amada, Koromaru, Shinjiro Aragaki, Aigis.

Ngày 4 tháng 10 năm 2009, Shinjiro gặp Ken tại địa điểm nơi mẹ của Ken bị giết, trong nhiệm vụ trăng tròn tháng 10. Hai năm trước, Shinjiro đã vô tình gây ra cái chết của mẹ Ken khi Persona của anh ta trở nên điên loạn khi làm nhiệm vụ. Bị mặc cảm tội lỗi, Shinjiro tránh xa SEES và bắt đầu dùng thuốc cưỡng chế Persona. Mặc dù vậy, Ken chỉ xem anh ta là một kẻ giết người, và tham gia SEES với lý do duy nhất là trả thù và giết anh ta. Shinjiro không có ý định chống lại nỗ lực báo thù của Ken, nhưng anh cảnh báo Ken rằng nếu cậu tiếp tục, cậu có thể trở nên giống như anh. Tuy nhiên, cả 2 đã bị gián đoạn bởi Takaya trong khi Ken đang cố hoàn thành kế hoạch của cậu. Takaya tiết lộ rằng những viên thuốc cưỡng chế mà Shinjiro đang dùng chắc chắn sẽ giết chết anh ta và giải thích kế hoạch trả thù của Ken. Anh ta rút khẩu súng ngắn ổ xoay của mình ra và bắn Shinjiro để vô hiệu hóa anh ta, đặt câu hỏi cho hai người về nơi ở của hoa tiêu của họ. Ken nói dối rằng đó chính là cậu. Takaya sau đó cũng chuẩn bị bắn Ken, bảo rằng hắn sẽ tiếp tục thực hiện ý định của Ken là cậu sẽ tự kết liễu khi sự trả thù của cậu ta được thực hiện thành công. Takaya có gắng bắn Ken nhưng Shinjiro đã nhảy vào đỡ thay phát đạn và hi sinh mạng sống của chính anh. Trước khi chết, anh bảo Ken hãy cố sống 1 cuộc sống hạnh phúc và nhờ Akihiko chăm sóc cho cậu. Với sức lực cuối cùng, Shinjiro đứng lên và bước vài bước ra khỏi SEES, nói rằng "Đây vốn là những gì nên xảy ra" và gục xuống sàn. Sự hy sinh này nhận được sự tôn trọng của Ken và đã truyền cảm hứng cho quyết tâm của Akihiko. Các thành viên của SEES rơi vào thời kỳ trầm cảm, Mitsuru và Akihiko khó khăn chấp nhận sự mất mát của Shinjiro và Ken cũng vậy. Mitsuru và Yukari cũng bắt đầu gắn kết gần nhau hơn.

Vào ngày 3 tháng 11 năm 2009, SEES chiến đấu với Takaya và Jin, và 2 người họ dường như đã tự sát bằng cách nhảy cầu ở Cầu Ánh Trăng. Họ cũng đã đánh bại Greater Shadow cuối cùng. Tuy nhiên, trong khi ăn mừng chiến thắng của họ vào ngày 4 tháng 11 năm 2009, SEES nhận ra rằng Dark Hour vẫn còn đó và họ đã bị Shuji Ikutsuki đánh lừa. Bằng cách tiêu diệt Greater Shadows, họ đã giải phóng những phần của một thứ được gọi là Nyx - thứ sẽ mang đến sự kết thúc của thế giới 1 khi nó được phục hồi hoàn toàn. Tập đoàn Kirijo đã cố gắng làm điều này 10 năm trước, nhưng Nyx đã được giải phóng sớm trong một tai nạn trong phòng thí nghiệm mà tai nạn đó cũng đã tạo nên Dark Hour và Tartarus. Aigis - 1 robot được thiết kế để chiến đấu với Nyx, đã chiến đấu với nó nhưng không thể hoàn toàn đánh bại nó, thay vào đó đã phân tách các phần của nó vào Greater Shadows và phần cuối cùng đã được đưa vào 1 cậu bé gần đó, được tiết lộ chính là nhân vật chính. Ikutsuki đã lập trình cho Aigis bắt giữ SEES và anh ta đưa nhóm lên đỉnh của một tòa tháp, sau đó treo cả nhóm trên thập giá và cố gắng cúng tế họ bằng cách sử dụng Aigis. Ikutsuki đã bắn chết cha của Mitsuru là ông Takeharu Kirijo và ra lệnh cho Aigis giết SEES, tuy nhiên, ý chí Aigis quá mạnh mẽ nên thay vào đó cô đã giải thoát cho cả nhóm. Ikutsuki rơi khỏi Tartarus sau khi dính phải viên đạn từ cha của Mitsuru (thật mơ hồ nếu đó là một vụ tự tử có chủ ý hoặc anh ta quên rằng phía sau anh ta không còn chỗ để bước). Vào ngày 9 tháng 11 năm 2009, SEES bắt gặp Ryoji Mochizuki, 1 cậu bé tuổi teen bí ẩn đã ghi danh vào trường Gekkoukan vài ngày sau vụ đánh bại Greater Shadow cuối cùng. Aigis dường như cảnh giác với Ryoji, cho rằng cậu ta rất nguy hiểm.

Vào ngày 22 tháng 11 năm 2009, Fuuka cảm nhận được một thành viên Strega bên ngoài Tartarus là Chidori. Xuyên suốt cả năm, Junpei và Chidori đã có 1 mối tình lãng mạn. Junpei chạy đến chỗ Chidori, và phần còn lại của SEES theo sau. Chidori trở nên thù địch và tấn công cả nhóm. Takaya và Jin đến và tiết lộ họ còn sống, và Takaya tuyên bố Chidori đã bị họ "đầu độc". Takaya bắn Junpei và Chidori cứu mạng Junpei bằng cách sử dụng năng lực chữa bệnh của cô ấy, nhưng sau đó cô ấy đã phải chết trong quá trình chữa bệnh đó. Vào ngày 2 tháng 12 năm 2009, Ryoji và Aigis đối mặt nhau tại Cầu Ánh Trăng. Aigis bị thương nặng bởi Ryoji và không còn là nhân vật chơi được trong tháng 12. SEES gặp Ryoji và Ryoji nói với họ rằng anh ta là "Appriser", người được sinh ra từ sự kết hợp của mười hai Shadows. Ryoji nói với SEES rằng anh ta là Thần chết, là kẻ mang tai họa, và nếu họ không giết anh ta vào ngày 31 tháng 12 năm 2009, anh ta sẽ bất đắc dĩ trở thành Nyx và đó sẽ là ngày tận thế, được gọi là the Fall. Ryoji cũng tiết lộ rằng một thập kỷ trước, anh ta đã bị Aigis đánh bại trên Cầu Ánh Trăng và anh ta đã ngủ yên trong một đứa trẻ (nhân vật chính) - vì là kẻ mang tai họa nên đây cũng là lí do cha mẹ của nhân vật chính chết.

Vào ngày 30 tháng 12 năm 2009, sau khi hồi phục chấn thương sau trận chiến với Ryoji, Aigis trở lại SEES với tư cách là một thành viên trong nhóm có thể chơi được. Vào ngày 31 tháng 12 năm 2009, người chơi phải đưa ra lựa chọn giết hoặc tha Ryoji để dẫn đến cái kết khác nhau. Nếu nhân vật chính giết chết Ryoji, trò chơi sẽ nhảy thẳng tới Lễ Tốt Nghiệp, toàn bộ thành viên SEES (ngoại trừ Aegis) đều mất hết kí ức về Dark Hour và Shadows, họ chuẩn bị ăn mừng với nhau và trò chơi kết thúc (Nyx sẽ mang the Fall tới và nhân loại sẽ bị diệt vong nên đây là Bad end). Còn nếu Ryoji được tha mạng, trò chơi sẽ tiếp tục vào ngày 31 tháng 1 năm 2010, SEES lên tầng thượng của Tartarus để đối mặt với Ryoji, người đã biến thành Nyx. Mặc dù họ đã đánh bại nó, mặt trăng tách ra để lộ một thiết bị lạ bắt đầu giết người trên khắp Trái đất. Nhân vật chính sử dụng tất cả các "Social Links" của mình với SEES và những người khác để tạo ra một phong ấn để khóa Nyx mãi mãi, mặc dù anh phải hy sinh bản thân để làm điều đó. Thế giới trở lại bình thường, mặc dù những ký ức năm qua của các thành viên SEES đã bị mất ngoại trừ nhân vật chính và Aegis. Khi Lễ Tốt Nghiệp hoàn thành, các thành viên SEES nhận ra rằng họ từng hứa sẽ tập trung trên sân thượng trường vào ngày tốt nghiệp. Ở đó, họ tìm thấy nhân vật chính nằm trong lòng Aigis, mỉm cười trong cuộc hội ngộ ngắn ngủi với các thành viên SEES khác. Aigis nói với nhân vật chính rằng cô sẽ luôn ở bên cạnh anh, bảo vệ anh. Nhân vật chính bình yên trôi vào giấc ngủ và trò chơi kết thúc. (Nhân vật chính không chết và bạn sẽ nhận được đoạn Cut Scene với từng thành viên trong nhóm tùy theo lựa chọn của bạn. Đây là Good End)

The Answer

"The Answer" hay "Episode Aegis" trong bản Nhật là phần cốt truyện tiếp theo diễn ra ngay sau sự kiện trong "The Journey" và chỉ có trong Persona 3 Fes. Persona 3 và Persona 3 Portable không có phần cốt truyện "The Anwser". Các sự kiện của "The Anwser" bắt đầu vào ngày 31 tháng 3 năm 2010, một vài tuần sau khi kết thúc "The Journey". Trong đoạn mở đầu tiết lộ rằng Nhân vật chính đã chết; các nhân vật khác suy đoán rằng cái chết của anh ta có liên quan đến việc anh ta đánh bại Nyx. Năm học đã kết thúc, và ký túc xá sẽ sớm bị đóng cửa. Aigis tiết lộ với nhóm rằng cô sẽ không đi học vào năm tới. Trong bữa tiệc tối cuối cùng của họ, các thành viên SEES phát hiện ra rằng họ bị mắc kẹt trong ký túc xá, và ngày 31 tháng 3 đang liên tục lặp lại. Sau đó, một cái lỗ lớn như cánh cửa mở ra trên sàn của ký túc xá và SEES bị tấn công bởi Metis, một vũ khí chống Shadow tương tự như Aigis. Giữa lúc chiến đấu với Metis để bảo vệ bạn bè của mình, Persona của Aigis - Athena, biến thành Orpheus - Persona của Nhân vật chính. Cô cũng có được khả năng Wild Card của nhân vật chính. Aigis đã làm dịu Metis lại, người có hành động cố gắng chấm dứt khoảng thời gian bị bỏ qua và cứu Aigis, người mà cô gọi là "em gái" của mình.

Bên dưới ký túc xá là Vực thẳm thời gian, nguyên nhân của khoảng thời gian bị bỏ qua. Vực Thẳm chứa bảy cửa, bên trong chứa các hầm ngục nhiều tầng, có thiết kế tương tự Tartarus; những khu vực này là nơi trận chiến của trò chơi diễn ra. Ở dưới cùng của mỗi ngục tối, các nhân vật chứng kiến một sự kiện từ quá khứ của một thành viên của SEES. Sau khi nhìn thấy một vài trong số những đoạn hồi tưởng này, nhóm nhận thấy rằng sự kiện được thể hiện ở mỗi cánh cửa liên quan đến cách người đó thức tỉnh với Persona của họ. Ở cánh cửa thứ bảy và cũng là cánh cửa cuối cùng, SEES chiến đấu với một Shadow giống y như nhân vật chính. Sau khi đánh bại nó, mỗi người trong số họ có được một chìa khóa. Bằng cách kết hợp các chìa khóa lại, họ sẽ có thể kết thúc thời gian bị bỏ qua và thoát khỏi ký túc xá. Tuy nhiên, Metis đưa ra cho SEES một giải pháp thay thế: thay vì mở khóa cửa trước của ký túc xá, họ cũng có thể sử dụng chìa khóa để du hành ngược thời gian, trước cuộc chiến chống lại Nyx và cái chết của Nhân vật chính. Bất đồng về cách sử dụng chìa khóa, cả nhóm xác định rằng họ phải chiến đấu với nhau để quyết định; Yukari và Mitsuru muốn du hành ngược thời gian và cứu Nhân vật chính khỏi số phận của mình, Akihiko và Ken muốn tôn vinh sự hy sinh của anh và thoát khỏi ký túc xá, trong khi Junpei và Koromaru dự định hoạt động như một nhóm trung lập, giữ chìa khóa cho đến khi những người khác có một quyết định hợp lý. Aigis, Fuuka và Metis cần tất cả tám chìa khóa để hợp nhất thành Chìa khóa cuối cùng. Sau khi tranh luận về những việc cần làm bây giờ, họ phát hiện ra một cánh cửa mới trong Vực thẳm thời gian, mà nhóm sử dụng (không cần Chìa khóa cuối cùng) để du hành đến thời điểm Nhân vật chính phong ấn Nyx khỏi thế giới. Metis giải thích rằng mục đích của phong ấn do Nhân vật chính tạo ra không phải là để phong ấn Nyx (thứ vốn không phải là ác quỷ), mà là để ngăn chặn sự tuyệt vọng của loài người sẽ gọi ra Nyx và mang lại the Fall một lần nữa. Ý chí tiềm thức của nhân loại đến tuyệt vọng và liên tục mong muốn cái chết sẽ tái sinh một con quái vật tên là Erebus - thứ sẽ triệu hồi Nyx để hủy diệt thế giới; Metis ngụ ý rằng sự tiếp xúc của Erebus với Nyx là nguyên nhân gây ra sự sụp đổ (bị ngăn chặn bởi SEES). SEES nhận ra rằng những mong muốn đã tạo ra Erebus cũng có 1 phần từ họ, vì vậy họ chiến đấu và đánh bại nó. Mitsuru chỉ ra rằng Erebus sẽ trở lại, vì con người sẽ không bao giờ ngừng mong muốn cái chết. Sau khi phá vỡ thời gian bị bỏ qua và thoát ra khỏi cửa trước của ký túc xá với Chìa khóa cuối cùng, Metis, Aigis và phần còn lại của SEES được triệu hồi đến Velvet Room, gây ngạc nhiên (thú vị) cho Igor. Chính tại đây, họ biết về nguồn gốc thực sự của Metis: rằng cô là biểu hiện của một phần tính cách của Aigis. Quẫn trí trước cái chết của Nhân vật chính, cô không còn muốn sống như một con người, và mong muốn trở lại làm một cỗ máy. Tuy nhiên, sau khi được giải thoát khỏi Vực thẳm thời gian, Aigis thay đổi ý định, quyết định tiếp tục đi học, điều mà cô đã chọn không làm trước đây.